Harry yaz tatilinde Dursley ailesinin yanındadır. Dursley ailesinin Marge adında misafirleri vardır. Marge hala Vernon eniştenin ablasıdır. Harry’nin anne ve babası hakkında ileri geri konuşurken Harry Potter sinirlenir ve Marge halayı uçan bir balona çevirir. Bu olaydan sonra Harry Dursley’lerin yanında kalmak istemez ve yanlarından ayrılır. Evden biraz uzaklaştıktan sonra bir duvarın kenarına oturur. Otururken karşısında siyah bir köpeğin ona baktığını görür. Korkar ve yere düşer. Ardından büyülü bir otobüse biner ve cadılar için dinlenme yeri olan Çatlakkazana doğru yola koyulur. Harry şaşkınlığını daha atlatamamışken biletçinin elinde tuttuğu gazetede bir haber görür.
Haberde, bir mahkumun Azkaban tutsağından kaçtığı yazar. Kaçan mahkumun isminin Sirius Black olduğunu ve Voldemort’un destekçisi olduğunu öğrenir. Harry Çatlakkazana geldiğinde Bay Weasley ile karşılaşır. Bay Weasley, Harry’e Sirius Black’in Harry’i öldürmek için kaçtığını, onu öldürürse Voldemort’un tekrar güç kazanacağını söyler. Harry, Ron ve Hermione okula gitmek için trene bindiğinde tren aniden durur, etraf buz gibi olur. İçeri bir ruh emici girer ve Harry’nin ruhunu emmeye başlar. Profesör Lupin Harry ile aynı odadadır ve ruh emiciyi uzaklaştırır. Sihir bakanlığının aldığı karar üzerine Azkaban muhafızı olan ruh emiciler Hogwarts etrafında dolanacak ve Sirius Black’i yakalamaya çalışacaktır. Hagrid Sihirli Yaratıkların Bakımı Dersi’ne girmektedir.
Derste öğrencilerine Şahgaga isimli bir hipogrifi anlatır. Hipogrifler çok gururlu yaratıklardır. Öğrencilerini hipogriflere karşı kötü konuşmamaları için uyarır. Harry hipogrif ile iyi anlaşır. Malfoy bunu görünce Şahgaga’nın üstüne doğru yürür ve ona hakaret. Şah gaga kızar ve Malfoy’a vurur. Harry’i Sirius’un Hogwarts’ın yakınlarında bir kasabada görüldüğü haberini okur. Daha sonra tablodaki şişman kadının sakladığını görürler. Şişman kadın onlara Sirius Black’in okulda olduğu söyler. Fred ve George kardeşler Harry’e çapulcu haritasını verir. Bu harita herkesin nerede olduğunu gösteren bir harita. Harry Potter Profesör Mcgonagall’ı gizlice dinler. Sirius Black’in Harry’nin vaftiz babası olduğunu, anne ve babasının yakın dostu olduğunu, ailesine ihanet ederek ailesinin yerini Voldemort’a söylediğini, Peter Pettigrew adında arkadaşını öldürdüğünü duyar.
Sirius Black’e çok kızar ve onu öldürmek ister. Harry, Profesör Lupin’den ruh emicileri kovan Patronus büyüsünü öğrenir. Harry çapulcu haritasını karıştırırken Peter Pettigrew’in okulda dolaştığını görür. Bulmak için yerinden kalkar. Harita Peter Pettigrew Harry’nin yanından geçtiğini gösterir ama Harry göremez. Bu esnada Harry haritayı Profesör Snape’e yakalatır ama Profesör Lupin Harry’i Snape’nin elinden kurtarır. Haritayı okula teslim etmediği için kızar. Harry’i Lupin’nin odasından çıkarken haritanın her zaman işe yaramadığını öldüğünü bildiği Peter Pettigrew’i gösterdiğini söyler. Malfoy’un babasının ısrarı üzerine Şahgaga ölüme mahkum edilir. Harry, Ron ve Hermione arka kapıdan okula doğru giderken büyük siyah bir köpek Ron’u yakalar. Onu şamarcı Söğüdün altındaki tünele götürür. Harry ve Hermione peşinden gider. Odaya girerler, arkalarından Sirius Black çıkar.
Harry Sirius Black’e saldırır. Bu esnada içeri Profesör Lupin girer. Harry’nin asasını alır.Lupin ve Sirius Harry’e gerçeği anlatır. Ron’un faresine büyü yaparlar ve Ron’un faresinin aslında Peter Pettigrew olduğu ortaya çıkar. Lupin, Sirius ve Lupin Harry’nin babasının en yakın arkadaşlarıdır. Sirius Harry’nin anne ve babası öldüğünde büyük bir üzüntüye kapılır. Peter Pettigrew’in Harry’nin annesi ve babasına ihanet ettiğini öğrenir. Peter Pettigrew’i öldüreceği sırada Peter bir parmağını keser ve kendini fareye çevirir. Suçu Sirius’un üzerine yıkar ve kaçar. 13 sene Ron’un faresi olarak yaşar. Peter’i Azkaban’a göndermek için yola çıktıklarında, Dolunay olur. Profesör Lupin bir kurt adamdır ve Dolunayda dönüşür. Dönüştüğünde gözü en yakın dostunu bile görmez.
Lupin dönüşür ve saldırır. Bu karışıklıkta Peter kaçar, Sirius Black ağır yaralanır ve göl kenarına doğru yuvarlanır. Lupin Harry’e saldırırken bir kurt sesi duyulur ve Lupin oraya doğru yönelir. Harry Sirius’un arkasından gider. Sirius ve Harry’nin etrafını ruh emiciler çevirir. Tam ölecekleri sırada gölün karşısından bir patronus büyüsü yapılır ve kurtulurlar. Ama Sirius tekrar Azkaban’a gönderilir. Hermione ve Harry’i Dumbladore ile karşılaşır. Dumbladore Hermoine’nin zamanı geri alması gerektiğini masum olanları kurtarmaları gerektiğini söyler. Hermione ve Harry zamanı geri alır. O günün sabahına Şahgaga’nın öldüğü dakikaya giderler. Önce Şahgaga’yı kurtarırlar. Ardından Lupinin gelecekteki kendilerine saldırdığını görür. Kurt sesi çıkartarak Lupin’İ üzerlerine çeker.
Lupin bu tarafa doğru geldiğinde Şahgaga Lupin’e saldırarak onları Harry Potter ve Hermione’den uzaklaştırır. Harry Hermione’ye Sirius ile gölün kenarındayken babasının onlara yardıma geldiğini söyler. Bu sebeple gölün karşısında babasını beklemeye başlar. Ama diğer zaman diliminde Harry ve Sirius ruh emicilerin arasında kalmış, ölmek üzereler. Harry inatla kurtarmaya babasının geleceğini düşünür ama babası gelmez. Kendisi çok güçlü bir patronus büyüsü yapar ve diğer zaman dilimindeki kendini ve Sirius’u ruh emicilerde kurtarır. Ardından Hermione ile birlikte şahgaga’nın sırtına atlar ve tekrar Azkaban’a gönderilmiş olan Sirius’u kurtarır.
